Mία προγραμματική σύμβαση προχωρούν ο Δήμος Σάμης, το Υπουργείο Πολιτισμού και Αθλητισμού και το Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών, για το εφαρμοσμένο ερευνητικό έργο: Δράσεις προστασίας και ανάδειξης στα σπήλαια Μελισσάνης και Δρογκαράτης με βάση το ιδιόμορφο Γεωδυναμικό και Υδρομετεωρολογικό.
Αντικείμενο της προγραμματικής Σύμβασης είναι η εκπόνηση εφαρμοσμένου ερευνητικού έργου από το Εθνικό Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών, με χρηματοδότηση του Δήμου Σάμης. Στο πλαίσιο του εφαρμοσμένου ερευνητικού έργου, προβλέπονται μεταξύ άλλων η λεπτομερής τοπογραφική αποτύπωση τόσο στο εσωτερικό των σπηλαίων, όσο και στον εξωτερικό τους χώρο, καθώς και η δημιουργία τοπογραφικών διαγραμμάτων και τομών. Επιπλέον, εκτός από τη διερεύνηση των μακροτεκτονικών συνθηκών της ευρύτερης περιοχής των σπηλαίων και άλλων σημαντικών εργασιών, θα γίνει και λεπτομερής τεκτονική ανάλυση της περιοχής γύρω από αυτά και ιδιαίτερα της θέσης των σπηλαίων.
Αξίζει να σημειωθεί ότι τα σπήλαια, αποτέλεσμα του συνδυασμού καρστικής διάβρωσης και τεκτονικής, εξελίχθηκαν κάτω από τις ιδιαίτερες γεωδυναμικές συνθήκες που επικρατούν στην ευρύτερη περιοχή του Ιονίου.
Οι πρόσφατοι μεγάλοι σεισμοί του 2014 είναι παράδειγμα των έντονων γεωδυναμικών διεργασιών με σημαντικές επιπτώσεις στο γεωπεριβάλλον, οι οποίες επηρεάζουν και τα σπήλαια, είτε με τις ανοδικές ή καθοδικές κινήσεις μεγάλων ρηξιτεμαχών, είτε με την εκδήλωση κατολισθητικών φαινομένων.
Τα πρόσφατα καταστροφικά φαινόμενα του Σεπτεμβρίου που έπληξαν την Κεφαλονιά, συνδέονται άμεσα με την κλιματική αλλαγή που λαμβάνει χώρα στην περιοχή της Μεσογείου. Οι γεωπεριβαλλοντικές παράμετροι των σπηλαίων, όπως υγρασία, θερμοκρασία, διοξείδιο του άνθρακα, οξυγόνο, επηρεάζονται άμεσα από τις μεταβολές στο κλίμα στην επιφάνεια της γης.
Κατ’ επέκταση, σκοπός του εφαρμοσμένου ερευνητικού έργου είναι η προστασία των σπηλαίων Μελισσάνης και Δρογκαράτης ως φυσικών και αρχαίων μνημείων, με σκοπό την αειφόρο αξιοποίησή τους κάτω από τις ιδιαίτερες γεωδυναμικές συνθήκες και τις αλλαγές στο κλίμα.