Η Sky Express θα εκτελεί σε αποκλειστικότητα, από την 1η Απριλίου 2017 μέχρι την 31η Μαρτίου 2021, τα δρομολόγια Θεσσαλονίκη-Σκύρος, Λήμνος–Μυτιλήνη–Χίος–Σάμος–Ρόδος και Κέρκυρα–Άκτιο–Κεφαλονιά–Ζάκυνθος, αναπτύσσοντας ακόμα περισσότερο το δίκτυο της.
Μετά την κατακύρωση του αποτελέσματος της σχετικής διαγωνιστικής διαδικασίας από το Υπουργείο Υποδομών και Μεταφορών, η Sky Express είναι ο αποκλειστικός αερομεταφορέας των ανωτέρω γραμμών για τα επόμενα 4 χρόνια.