Ο Φορέας του Τομέα Μακεδονίας και Θράκης του Υπουργείου Εσωτερικών έχει ως αποστολή την πρότυπη περιφερειακή ανάπτυξη της Μακεδονίας και Θράκης, την προστασία και ανάπτυξη της φυσικής, αρχιτεκτονικής πολιτιστικής κληρονομιάς και την προώθηση της συνεργασίας με τις χώρες της Βαλκανικής και του Εύξεινου Πόντου σε θέματα περιβάλλοντος, έργων υποδομής, πολιτιστικής κληρονομιάς, τουριστικής ανάπτυξης και απόδημου ελληνισμού.
Στο πλαίσιο αυτό καθορίστηκαν οι στρατηγικοί στόχοι του, στη βάση των αρχών της εγγύτητας και της επικουρικότητας καθώς και της κυβερνητικής αποκέντρωσης, που είναι οι εξής:
1. Η αξιολόγηση, παρακολούθηση και ο έλεγχος υλοποίησης επενδυτικών σχεδίων και η συμβολή στη δημιουργία νέων θέσεων εργασίας καθώς και σε δράσεις προώθησης της καινοτομίας.
2. Η ενίσχυση της προστασίας του καταναλωτή και η προστασία των επαγγελματιών, οι οποίοι εφαρμόζουν την κείμενη νομοθεσία περί ασφάλειας των βιομηχανικών προϊόντων έναντι εκείνων που παραβαίνουν τα όρια ενός υγιούς και ασφαλούς ανταγωνισμού.
3. Η ανάπτυξη εξωστρεφών δράσεων περιφερειακής πολιτικής για την ισόρροπη και βιώσιμη παραγωγική και κοινωνική ανασυγκρότηση της Μακεδονίας και Θράκης.
4. Η ανάπτυξη δράσεων προώθησης των διεθνών, διασυνοριακών και διακρατικών συνεργασιών για τη διασύνδεση των περιβαλλοντικών, πολιτιστικών και τουριστικών πόρων και διαδρομών της Μακεδονίας και Θράκης με τις αντίστοιχες των Βαλκανίων και του Ευξείνου Πόντου, καθώς και η ανάπτυξη επιχειρηματικών συνεργασιών της Μακεδονίας και Θράκης με αντίστοιχα δίκτυα των Βαλκανίων, του Ευξείνου Πόντου και της ΝΑ Ευρώπης.
5. Η ανάδειξη και προστασία της φυσικής, πολιτιστικής και αρχιτεκτονικής κληρονομιάς και η ευαισθητοποίηση των πολιτών για την προστασία του περιβάλλοντος.
6. Ο σχεδιασμός, συντονισμός, διαχείριση και εποπτεία όλων των θεμάτων που άπτονται της διοικητικής υποστήριξης, της ηλεκτρονικής διακυβέρνησης και της οικονομικής λειτουργίας του Φορέα και των εποπτευόμενων φορέων.
7. Η ανάπτυξη συστημάτων εσωτερικού ελέγχου, η διασφάλιση των αρχών της νομιμότητας, της χρηστής διοίκησης και της ορθολογικής οικονομικής διαχείρισης και αξιοποίησης των διαθέσιμων πόρων και η διερεύνηση υποθέσεων παράτυπης συμπεριφοράς και διαφθοράς.
8. Η παροχή υπηρεσιών με σκοπό την τήρηση των αρχών/εργαλείων της καλής νομοθέτησης, την έγκαιρη ανταπόκριση στον κοινοβουλευτικό έλεγχο και την παρακολούθηση της εφαρμογής του ετήσιου Σχεδίου Δράσης του Υπουργείου.
9. Η προβολή του έργου και αποτελεσματική διαχείριση της επικοινωνίας του Φορέα.
10. Η ανάπτυξη συστημάτων διοικητικού εκσυγχρονισμού και μεθόδων στρατηγικού σχεδιασμού για όλα τα πεδία αρμοδιότητας του Φορέα και για την αξιοποίηση του ανθρώπινου δυναμικού και των υποδομών που διαθέτει αυτό και οι εποπτευόμενοι φορείς του, για την εξυπηρέτηση του δημόσιου συμφέροντος και των πολιτών.
11. Η ανάπτυξη και η συντονισμένη υλοποίηση δράσεων που σχετίζονται με θέματα Πολιτικής Προστασίας.