Με απόφαση της Περιφερειάρχη Βορείου Αιγαίου κ. Χριστιάνας Καλογήρου, εντάσσεται στο Επιχειρησιακό Πρόγραμμα της Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου το έργο «συντήρηση και αποκατάσταση ανατολικής πτέρυγας Ιεράς Μονής Προφήτη Ηλία στο Καρλόβασι της Σάμου». Η Ιερά Μονή Προφήτη Ηλία αποτελεί διατηρητέο μνημείο.
Ο συνολικός προϋπολογισμός του έργου είναι 925.000 ευρώ και φορέας υλοποίησης η Διεύθυνση Αναστήλωσης Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Μνημείων του Υπουργείου Πολιτισμού. Η προβλεπόμενη ημερομηνία ολοκλήρωσης του έργου είναι η 7η Οκτωβρίου του 2020.
Η Ιερά Μονή Προφήτη Ηλία ιδρύθηκε το 1739 και είναι κηρυγμένο διατηρητέο μνημείο. Η ανατολική πτέρυγα, η οποία είναι σήμερα εγκαταλελειμμένη λόγω των οικοδομικών προβλημάτων που παρουσιάζει, αποτελεί λειτουργικά το βασικότερο κτίσμα της Μονής. Μετά την ολοκλήρωση των εργασιών αποκατάστασης στο ισόγειο θα λειτουργεί βιβλιοθήκη, εκθεσιακός χώρος και οι βοηθητικές εγκαταστάσεις (Η/Μ, αποθηκευτικός χώρος κλπ). Στον άνω όροφο θα δημιουργηθούν χώροι φιλοξενίας και υποδοχής (κουζίνα, τραπεζαρία και κελιά), καθώς και το συνοδικό. Παράλληλα, πάνω από την είσοδο θα αποκατασταθεί το υπάρχον παρεκκλήσιο.
Οι εργασίες που θα πραγματοποιηθούν μεταξύ άλλων αφορούν στην ενίσχυση θεμελίωσης, στη στερέωση, συντήρηση και κατασκευή νέων ξυλόπηκτων τοίχων, καθώς και στη συντήρηση, αποκατάσταση και όπου χρειάζεται κατασκευή νέων δαπέδων.
Η Περιφερειάρχης Βορείου Αιγαίου κα. Χριστιάνα Καλογήρου δήλωσε σχετικά: «Ανταποκρινόμενοι στο χρόνιο αίτημα της τοπικής κοινωνίας της Σάμου αξιοποιούμε τους ευρωπαϊκούς πόρους και παρέχουμε τη δυνατότητα για τη συντήρηση και αποκατάσταση της Ιεράς Μονής του Προφήτη Ηλία. Ενός εκκλησιαστικού μνημείου της βορειοδυτικής πλευράς της Σάμου που πέραν των άλλων θα δώσει δυνατότητες ανάπτυξης και ενίσχυσης του θρησκευτικού τουρισμού».